蛋白质是生命活动的主要承担者，也是组成人体一切细胞、组织的重要成分。研究表明，所有蛋白质有对应的亚细胞器，不同功能的蛋白质只有存在于特定的亚细胞器，才能正常发挥其作用。因而寻找一种简单快速的方法对蛋白质亚细胞器进行定位，即获取其特定的亚细胞区间，对了解蛋白质的功能和性质，研究蛋白质之间的相互作用具有重要意义。随着高通量测序时代的来临，大部分生物数据需要通过理化实验对其结构及功能进行注释，传统标注方法如细胞分馏、电子显微镜和荧光显微镜等，成本较高，且耗时费力，借助先进快速的计算机技术，基于统计预测或理论计算的方法从海量数据中挖掘出有效信息已成为了当今时代的迫切需要。

通过对目的蛋白的标记，例如融合绿色荧光蛋白GFP，使用扫描共聚焦显微镜激发荧光，从而对蛋白的表达分布予以确认。依据对亚细胞分布的准确度不同，亚细胞定位的实验设计也分成简化型亚细胞定位分析和内参型共定位分析。对于植物蛋白的亚细胞定位分析，主要通过构建融合荧光蛋白的过表达质粒，转化烟1草和原生质体瞬时表达体系确定其定位及共定位情况。

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从蛋白质一级结构的氨基酸序列出发，使用数学模型和统计学习等方法，提取序列征信息，训练分类器对亚细胞区间进行定位预测，并结合传统实验方法，能使得到的结果更加准确，对了解未知蛋白质、设计靶向药1物等方面具有重要作用。

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