蛋白在原生质体中合成，而新合成的蛋白必须要运输到细胞的特定位置才会发挥其作用。蛋白的亚细胞定位注释信息可以为科研工作者们对蛋白的功能分析，蛋白互作等提供参考与支持。研究未知蛋白生物学功能通常是获得其亚细胞定位信息，亚细胞定位在细胞分子生物学，蛋白质组学，系统生物学，药1物开发，药1物化学等领域研究中具有十分重要的作用。
蛋白质是生命活动的主要承担者，也是组成人体一切细胞、组织的重要成分。研究表明，所有蛋白质有对应的亚细胞器，不同功能的蛋白质只有存在于特定的亚细胞器，才能正常发挥其作用。因而寻找一种简单快速的方法对蛋白质亚细胞器进行定位，即获取其特定的亚细胞区间，对了解蛋白质的功能和性质，研究蛋白质之间的相互作用具有重要意义。随着高通量测序时代的来临，大部分生物数据需要通过理化实验对其结构及功能进行注释，传统标注方法如细胞分馏、电子显微镜和荧光显微镜等，亚细胞定位公司，成本较高，且耗时费力，借助先进快速的计算机技术，基于统计预测或理论计算的方法从海量数据中挖掘出有效信息已成为了当今时代的迫切需要。
亚细胞定位实验本质上，既然是荧光双染技术，蛋白质本身没有荧光，有多种办法使它带上荧光信号，一是GFP（绿色荧光蛋白）融合标记，二是免1疫荧光标记，通过带有荧光的抗1体直接或者间接识别蛋白。标记完成后在激光共聚焦显微镜下观察荧光信号的叠加情况，如果能与细胞器等Marker蛋白信号重叠则可说明目的蛋白定位情况。很多情况下用GFP（绿色荧光蛋白）融合标记目的蛋白，用荧光抗1体标记细胞器。
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