扫描电子显微镜的电子束不穿过样品，仅以电子束尽量聚焦在样本的一小块地方，然后一行一行地扫描样本。入射的电子导致样本表面被激发出次级电子。显微镜观察的是这些每个点散射出来的电子，放在样品旁的闪烁晶体接收这些次级电子，通过放大后调制显像管的电子束强度，从而改变显像管荧光屏上的亮度。
武汉迈斯普生物科技有限公司是一家专业从事生物医学技术服务、技术咨询及产品开发的生物技术服务企业。公司坐落于武汉光谷，由3位归国博士领衔创办。公司长期致力于建立并完善多项基础生物技术服务平台。现凭借自身技术特色，依托光谷生物城技术产业优势，面向全国提供生物技术服务。
在使用电子显微镜观察生物样品前样品必须被预先处理。随不同研究要求的需要科学家使用不同的处理方法。
1.固定：为了尽量保存样本的原样使用来硬化样本和使用来染色脂肪。
2.冷固定：将样本放在液态的中速冻，生物电镜检测服务，这样水不会结晶，而形成非晶体的冰。这样保存的样品损坏比较小，但图像的对比度非常低。
3.脱干：使用乙醇和来取代水
4.垫入：样本被垫入后可以分割。
5.分割：将样本使用金刚石刃切成薄片。
6.染色：重的原子如铅或铀比轻的原子散射电子的能力高，因此可被用来提高对比度。
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使用电子显微镜观察金属前样本要被切成非常薄的薄片（约0.1毫米），然后使用电解擦亮继续使得金属变薄，后在样本中心往往形成一个洞，电子可以在这个洞附近穿过那里非常薄的金属。无法使用电解擦亮的金属或不导电或导电性能不好的物质如硅等一般首先被用机械方式磨薄后使用离子打击的方法继续加工。为防止不导电的样品在扫描电子显微镜中积累静电它们的表面必须覆盖一层导电层。
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